La collégiale, bâtie sur l’emplacement de la basilique dédiée à saint Caprais depuis le VIème siècle, est devenue cathédrale le 20 Octobre 1803, pour remplacer la cathédrale Saint Etienne tombée en ruines. Commencée au XIIème siècle, cette collégiale ne fut achevée qu’en 1508.

L’édifice associe un chevet roman à une nef gothique.

Le chevet se compose d’une travée de chœur et d’une abside en demi-cercle. Trois chapelles semi-circulaires rayonnent autour du chœur.  

La croisée du transept, de plan carré, est délimitée par quatre piliers très larges, destinés à l’origine à supporter une coupole, remplacée finalement par une voûte sur croisée d’ogives. Sur chaque bras est greffée une absidiole. A l’extrémité du bras nord, on peut admirer un magnifique triforium gothique.

Enfin, la nef comprend deux travées couvertes d’une voûte sur croisée d’ogives, soutenue par des colonnes surmontées de chapiteaux.

L’intérieur de la cathédrale est remarquable par ses peintures. Elles furent réalisées en 1868 par le peintre toulousain Jean-Louis BEZARD, sur un programme iconographique de l’Abbé DEYCHE, curé de la cathédrale. Le grand cul de four du chevet rappelle le martyre des saints fondateurs de l’Eglise d’AGEN, à la fin du IIIème siècle : Foy, Caprais, Prime et Félicien, Vincent….. A noter, au dessous de la Vierge, les armes de la ville d’AGEN ainsi que sa devise (en latin) : «Si le Seigneur ne garde la ville, c’est en vain que la garde veille» (Ps 127, 1).